22世纪末，被人类称作“加米拉斯”的不明外星生物盘踞火星，并持续向地球发射带有卫剑雄和卫蓉的话还没有让卫剑豹彻底软下来，但卫凤瑶那稚嫩的声音说出来的话却让他脸色一变，再次恐惧地瞟了一眼陈源眉心的竖眼。眼睛一闭，又快又低地对乐小天说了句对不起，是我的错。强烈放射姓物质的游星炸弹，致使地球人死伤无数，濒临灭绝，被迫转到地下求生。在这紧要关头，人类组成宇宙舰队远征火星，结果几乎全军覆没，侥幸逃回的大和号成为人类最后的希望。与此同时，一个神秘装置穿越万里银河坠落地球，经检测发现该装置竟然能消除放射姓物质。为了从装置的主人——麦哲伦星云伊斯坎达尔星的高智慧生物那里寻求帮助，人类决定孤注一掷，派遣大和号进行这次远征。火星之战中失去哥哥的原宇宙舰队成员古代进（木村拓哉饰）应召归队，和一众好友成为了见证伟大历史时刻的一员。而得知人类动向的加米拉斯也发起了一波波的致命攻击…… 本片根据松本零士的同名原著改编。
